Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

edu.jhmi.rad.medic.libraries, edu.jhmi.rad.medic.utilities, edu.jhu.bme.smile.commons.math, edu.jhu.bme.smile.commons.math.specialFunctions, edu.jhu.bme.smile.commons.optimize, edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.tensor, edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.test, edu.jhu.bme.smile.commons.textfiles, edu.jhu.bme.smile.demo, edu.jhu.cs.cisst.algorithms.geometry.surface, edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg, edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.grid, edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.interpolator, edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.parallel, edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.pde, edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.restrictor, edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.smoother, edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.solver, edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.util, edu.jhu.cs.cisst.algorithms.segmentation.gac, edu.jhu.cs.cisst.algorithms.util, edu.jhu.cs.cisst.plugins.classification, edu.jhu.cs.cisst.plugins.segmentation, edu.jhu.cs.cisst.plugins.utilities.file, edu.jhu.cs.cisst.plugins.utilities.surface, edu.jhu.cs.cisst.plugins.visualization, edu.jhu.cs.cisst.test, edu.jhu.cs.cisst.test.data, edu.jhu.cs.cisst.vent, edu.jhu.cs.cisst.vent.converter, edu.jhu.cs.cisst.vent.converter.processing, edu.jhu.cs.cisst.vent.renderer.processing, edu.jhu.cs.cisst.vent.resources, edu.jhu.cs.cisst.vent.structures.processing, edu.jhu.cs.cisst.vent.widgets, edu.jhu.ece.iacl.algorithms, edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti, edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography, edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT, edu.jhu.ece.iacl.algorithms.hardi, edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label, edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.atlasing, edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.simulation, edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple, edu.jhu.ece.iacl.algorithms.registration, edu.jhu.ece.iacl.algorithms.spectro, edu.jhu.ece.iacl.algorithms.vabra, edu.jhu.ece.iacl.algorithms.volume, edu.jhu.ece.iacl.doc, edu.jhu.ece.iacl.jist.algorithms.graphics, edu.jhu.ece.iacl.jist.cli, edu.jhu.ece.iacl.jist.dialogs, edu.jhu.ece.iacl.jist.io, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.resources, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parser, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.tree, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.output, edu.jhu.ece.iacl.jist.plugins, edu.jhu.ece.iacl.jist.plugins.testing, edu.jhu.ece.iacl.jist.processcontrol, edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.data, edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.fiber, edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom, edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image, edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.matrix, edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.tensor, edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.vector, edu.jhu.ece.iacl.jist.test, edu.jhu.ece.iacl.jist.utility, edu.jhu.ece.iacl.pami, edu.jhu.ece.iacl.plugins, edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti, edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography, edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi, edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling, edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.atlasing, edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.simulation, edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.staple, edu.jhu.ece.iacl.plugins.quantitative, edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration, edu.jhu.ece.iacl.plugins.segmentation, edu.jhu.ece.iacl.plugins.spectro, edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file, edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.logic, edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.math, edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.roi, edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.surface, edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume, edu.jhu.ece.iacl.structures.image, edu.jhu.ece.iacl.utility, edu.vanderbilt.masi.plugins.utilities.volume, jist.modules, license

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • javax.swing.AbstractAction (implements javax.swing.Action, java.lang.Cloneable, java.io.Serializable)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.PipeInternalFrame.EventRedirector
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.AbstractCalculation
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.spectro.CESTAsymmetry.AlgorithmWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.CFARIEstimation2.CFARIWrapper (implements java.lang.Runnable)
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.volume.CompareVolumes
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.ComputeMeanB0.TensorEstimationWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.ComputeMeanDW.TensorEstimationWrapper
    • edu.jhmi.rad.medic.utilities.CubicVolumeCropper
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.volume.DistanceField
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.segmentation.gac.DistanceField2D
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.DtiVecMask
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWIBallStickEstCaminoFileCollection.TensorEstimationWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITensorColorEncodedMap.AlgorithmWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITensorEstCaminoFileCollection.TensorEstimationWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITensorEstLikelihood.TensorEstimationWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITensorEstLLMSE.TensorEstimationWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWIThreeTensorEstCaminoFileCollection.TensorEstimationWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITwoTensorEstCaminoFileCollection.TensorEstimationWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.quantitative.EstimateMTR.AlgorithmWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.quantitative.EstimateMTRseries.AlgorithmWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.quantitative.EstimateT1FromDoubleAngle.AlgorithmWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.quantitative.EstimateT2FromDualEcho.AlgorithmWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.FastMarchingLabelExtension
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FiberTracker
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.segmentation.gac.GeodesicActiveContour2D
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.segmentation.gac.GradientVectorFlow2D
    • edu.jhu.bme.smile.commons.math.HistogramGenerator
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.vabra.ImagePair
      • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.vabra.ImagePairNMI
        • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.vabra.ImagePairRBF
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.geometry.surface.IsoContourGenerator
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.geometry.surface.IsoSurfaceGenerator
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.spectro.JistMSWASSR.AlgorithmWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmConstrainedFLIRT.FlirtWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.plugins.testing.MedicAlgorithmDemo.MyAlgorithm
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmEfficientFileCollectionRegistration.FlirtWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.plugins.MedicAlgorithmExecutableAdapter.ProcessRunner
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmFLIRT.FlirtWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmFLIRTCollection.FlirtWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmMipavReorient.reorientWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.MedicAlgorithmMultiAtlasSurfaceLabeling.Wrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmMultiDeformVolume.ExecuteWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmTransformVolume.ExecuteWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography.MedicAlgorithmWildBootTrac.ExecuteWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.ObservableCalculation
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.STAPLE
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.STAPLEgeneral
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.STAPLEmulti
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.STAPLEmulti2
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.STAPLEsingle
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.STAPLEsurf
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.vabra.VabraAlgorithm
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.vabra.VabraSolver
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.VolumeCensorRange.AlgorithmWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.WildBootFiberTracker
  • javax.swing.AbstractCellEditor (implements javax.swing.CellEditor, java.io.Serializable)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeEdgeRealEditor (implements javax.swing.table.TableCellEditor, javax.swing.tree.TreeCellEditor)
  • java.util.AbstractCollection<E> (implements java.util.Collection<E>)
    • java.util.AbstractList<E> (implements java.util.List<E>)
      • java.util.AbstractSequentialList<E>
        • java.util.LinkedList<E> (implements java.lang.Cloneable, java.util.Deque<E>, java.util.List<E>, java.io.Serializable)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.CurveCollection
      • java.util.ArrayList<E> (implements java.lang.Cloneable, java.util.List<E>, java.util.RandomAccess, java.io.Serializable)
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.DataLabelCollection
      • java.util.Vector<E> (implements java.lang.Cloneable, java.util.List<E>, java.util.RandomAccess, java.io.Serializable)
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.fiber.FiberCollection
    • java.util.AbstractQueue<E> (implements java.util.Queue<E>)
      • java.util.PriorityQueue<E> (implements java.io.Serializable)
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.data.BinaryMaxHeap<E>
  • javax.swing.table.AbstractTableModel (implements java.io.Serializable, javax.swing.table.TableModel)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessManagerTable.ProcessTableModel
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.segmentation.gac.ActiveContourForce2D
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.segmentation.gac.AdvectionForce2D
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.segmentation.gac.GaussianCurvatureForce2D
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.segmentation.gac.MeanCurvatureForce2D
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.segmentation.gac.PressureForce2D
  • AlgorithmBase
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.ProcessingAlgorithm
      • edu.jhu.bme.smile.demo.AddingNoise
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.AddToFileCollection
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography.AlgorithmComputeConnectivityMatrix
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.AlgorithmGradientTableCorrection
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.roi.AlgorithmJointROIStats
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.atlasing.AlgorithmLogOdds
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.roi.AlgorithmROIStats
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.simulation.AlgorithmSimulateSurfaceRater
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.simulation.AlgorithmSimulateVolumeRater
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.AlgorithmVolumeFileCollectionTo3D
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.spectro.CESTAsymmetry
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.CFARIEstimation
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.CFARIEstimation2
      • edu.jhu.bme.smile.demo.ChebyShevFitting
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.CombinedSlabCollectionToVolumeCollection
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.ComputeMeanB0
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.ComputeMeanDW
      • edu.jhu.ece.iacl.pami.CreateCrossingFiber
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.segmentation.CreateMask
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.CreatePlatonicSolidSurface
      • edu.jhu.ece.iacl.pami.CreateTesselatedSurface
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.DefineCFARIScheme
      • edu.jhu.ece.iacl.pami.DivideReference
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWIBallStickEstCamino
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWIBallStickEstCaminoFileCollection
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWICombineBvalTables
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWICombineGradTables
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWIDefineCaminoScheme
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITensorColorEncodedMap
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITensorContrasts
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITensorEstCamino
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITensorEstCaminoFileCollection
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITensorEstCaminoRESTOREVariableNoiseField
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITensorEstLikelihood
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITensorEstLLMSE
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWIThreeTensorEstCamino
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWIThreeTensorEstCaminoFileCollection
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITwoTensorEstCamino
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.DWITwoTensorEstCaminoFileCollection
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.quantitative.EstimateMTR
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.quantitative.EstimateMTRseries
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.quantitative.EstimateT1FromDoubleAngle
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.quantitative.EstimateT2FromDualEcho
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.ExtractBvalGradFromPAR
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography.Fiber2Volume
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.FileCollectionToPins
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.FileCollectionToVolumeCollection
      • edu.jhu.bme.smile.demo.FirstPluginTest
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.FunkRadonTransform
      • edu.jhu.ece.iacl.pami.GenerateTensors
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.GetImageDimensions
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.GradToSurf
      • edu.jhu.bme.smile.demo.ImageAlgebra
      • edu.jhu.bme.smile.demo.ImageArithmetic
      • edu.jhu.bme.smile.demo.ImageCollectionAlgebra
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.spectro.JistMSWASSR
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.LocalNoiseEstimate
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography.MedicAlgorithmApplyFiberROI
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.math.MedicAlgorithmArithmetic
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmAtlasSelection
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.MedicAlgorithmChooseFileRegEx
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.MedicAlgorithmChooseVolumeRegEx
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.MedicAlgorithmCleanSurfLabels
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.surface.MedicAlgorithmCombineSurfaceComponents
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.surface.MedicAlgorithmCombineSurfaces
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmCombineVolumeComponents
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.MedicAlgorithmConcatArrayDoubleTextLists
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmConstrainedFLIRT
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.surface.MedicAlgorithmCopyEmbeddedData
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmCreateSimilarityMetricVol
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmCrop
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography.MedicAlgorithmDeformFibers
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.plugins.testing.MedicAlgorithmDemo
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmDimensions
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmEfficientFileCollectionRegistration
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.surface.MedicAlgorithmEmbedSurface
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.plugins.MedicAlgorithmExecutableAdapter
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmExtractAllComponents
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmExtractFileCollectionComponents
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.surface.MedicAlgorithmExtractSurfaceComponent
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmExtractVolumeComponent
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography.MedicAlgorithmFiberComparison
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography.MedicAlgorithmFibersFromSurfaceROI
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.MedicAlgorithmFibersToVtk
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography.MedicAlgorithmFiberTracker
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography.MedicAlgorithmFiberVolumeStatistics
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmFindEqualVolume
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.MedicAlgorithmFlipVectorTable
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.MedicAlgorithmFlipVectorVolume
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmFLIRT
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmFLIRTCollection
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.logic.MedicAlgorithmFloatsToPoint
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.MedicAlgorithmFMLabelExtension
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.MedicAlgorithmFormatVectorImage
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.MedicAlgorithmIdentifySubject
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.math.MedicAlgorithmImageCalculator
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.math.MedicAlgorithmImageCalculatorBatch
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.math.MedicAlgorithmImageCalculatorModified
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.math.MedicAlgorithmImageMath
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmIsotropicReslice
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.plugins.MedicAlgorithmJistLayoutAdapter
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.math.MedicAlgorithmKLDivergence
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmMatchAllImages
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.plugins.MedicAlgorithmMipavAdapter
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmMipavReorient
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.MedicAlgorithmMultiAtlasLabeling
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmMultiAtlasReg
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.MedicAlgorithmMultiAtlasSurfaceLabeling
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmMultiCrop
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmMultiDeformVolume
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.MedicAlgorithmMultiGradientTableCreator
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.MedicAlgorithmMultiParV3Info
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.MedicAlgorithmMultiParV4Info
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.surface.MedicAlgorithmReshapePoints
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.surface.MedicAlgorithmReshapeSurface
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmReverseComponents
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.logic.MedicAlgorithmSerializeSurfaces
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.logic.MedicAlgorithmSerializeVolumes
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmSetHeaders
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.staple.MedicAlgorithmSTAPLE
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.staple.MedicAlgorithmSTAPLEgeneral
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.staple.MedicAlgorithmSTAPLEsurface
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.MedicAlgorithmSubsampleFibers
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.MedicAlgorithmSurfaceConverter
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.surface.MedicAlgorithmSurfaceHistogram
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.logic.MedicAlgorithmSurfaceSplitter
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.surface.MedicAlgorithmSurfaceToVolumeConverter
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.MedicAlgorithmTableFormat
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.MedicAlgorithmTensorFormatConvert
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmThreshold
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography.MedicAlgorithmTransformFibers
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmTransformVolume
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmUncrop
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmVABRA
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.logic.MedicAlgorithmValueEquals
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.logic.MedicAlgorithmValueGreaterThan
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.logic.MedicAlgorithmValueInRange
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.logic.MedicAlgorithmValueLessThan
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.MedicAlgorithmVolumeConverter
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.MedicAlgorithmVolumeConverter2
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.MedicAlgorithmVolumeConverter4D
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.MedicAlgorithmVolumeHistogram
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.MedicAlgorithmVolumeListOrganizer
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.logic.MedicAlgorithmVolumeSplitter
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.labeling.MedicAlgorithmVolumeToSurfaceLabeling
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography.MedicAlgorithmWildBootTrac
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.MedicAlgorithmZip
      • edu.jhu.bme.smile.demo.MemoryDemo
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parser.MipavPluginParser (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parser.JISTDynamicPluginLookup)
      • edu.jhu.ece.iacl.pami.NameTest
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.NormalizeToUnitMagnitude
      • edu.jhu.cs.cisst.plugins.segmentation.PlugInCircleLevelSet
      • edu.vanderbilt.masi.plugins.utilities.volume.PluginCombineVolumes
      • edu.jhu.cs.cisst.plugins.classification.PlugInFuzzyMembershipThreshold2D
      • edu.jhu.cs.cisst.plugins.segmentation.PlugInGeodesicActiveContour2D
      • edu.jhu.cs.cisst.plugins.segmentation.PlugInGradientVectorFlow2D
      • edu.jhu.cs.cisst.plugins.utilities.surface.PlugInIsoContourGenerator
      • edu.jhu.cs.cisst.plugins.utilities.surface.PlugInIsoSurfaceGenerator
      • edu.jhu.cs.cisst.plugins.utilities.file.PlugInTestDataSelector
      • edu.jhu.cs.cisst.plugins.visualization.PlugInVisualizeActiveContour2D
      • edu.jhu.cs.cisst.plugins.visualization.PlugInVisualizeImage
      • edu.jhu.cs.cisst.plugins.visualization.PlugInVisualizeSurface
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.Process3DMRIImages
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.QBallEstimation
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.QBallModifiedRealProjection
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.QBallProjection
      • edu.jhu.bme.smile.demo.RandomVol
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.RegularizeNoiseField
      • edu.jhu.bme.smile.demo.ScaleImageDemo
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.SelectUniqueDiffusionDirections
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography.SImageTractAnalysis
      • edu.jhu.ece.iacl.pami.SimFramework
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.SurfToGrad
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.hardi.TesselateSurface
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.tractography.TractMapping
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.VolumeCensorRange
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.volume.VolumeCollectionToCombinedSlabCollection
      • edu.jhu.ece.iacl.plugins.utilities.file.VolumeDirectoryNoIter
  • AlgorithmConstrainedOAR3D
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmConstrainedFLIRT.AlgorithmConstrainedOAR3DWrapper
  • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.AlgorithmDWIMotionCorrection
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.AlgorithmInformation (implements java.lang.Cloneable, java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.AlgorithmInformation.AlgorithmAuthor (implements java.lang.Cloneable)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.AlgorithmInformation.Citation (implements java.lang.Cloneable)
  • AlgorithmRegOAR3D
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmFLIRT.AlgorithmRegOAR3DWrapper
  • AlgorithmRegOAR3D
    • edu.jhu.ece.iacl.plugins.registration.MedicAlgorithmFLIRTCollection.AlgorithmRegOAR3DWrapper
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.AnalyzeDists
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.solver.ArithmeticSolver (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.solver.Solver)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.ArrayPrinter
  • edu.jhu.ece.iacl.utility.AtlasList
  • javax.swing.plaf.basic.BasicComboBoxEditor (implements javax.swing.ComboBoxEditor, java.awt.event.FocusListener)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ConnectionEditor (implements javax.swing.event.ChangeListener, javax.swing.ComboBoxEditor)
  • BasicGraphUI
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeGraphUI
  • BasicMarqueeHandler
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeMarqueeHandler
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.data.BinaryMinFastHeap
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.data.BinaryMinHeap
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.BndBox
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.BrentMethod1D (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizer1DContinuous)
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.pde.CachingPDE (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.pde.PDE)
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.segmentation.gac.VectorFieldDiffusion2D
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.CalculationMonitor (implements java.lang.Runnable)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.hardi.CFARIBasisFunction
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.hardi.CFARIBasisTensor
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.hardi.CFARIBasisSet
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.hardi.CFARIEstimator
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.hardi.CFARIEstimator2
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.CollisionDetection
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.CollisionDetection.Triangle
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.CommonAuthors
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.CompareFibers
  • edu.jhu.bme.smile.commons.math.specialFunctions.ComplexVector
    • edu.jhu.bme.smile.commons.math.specialFunctions.SphericalHarmonicRepresentation
  • java.awt.Component (implements java.awt.image.ImageObserver, java.awt.MenuContainer, java.io.Serializable)
    • java.awt.Container
      • javax.swing.JComponent (implements java.io.Serializable)
        • javax.swing.AbstractButton (implements java.awt.ItemSelectable, javax.swing.SwingConstants)
          • javax.swing.JToggleButton (implements javax.accessibility.Accessible)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.PortToggleButton (implements java.awt.event.ActionListener)
        • javax.swing.JInternalFrame (implements javax.accessibility.Accessible, javax.swing.RootPaneContainer, javax.swing.WindowConstants)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.PipeInternalFrame (implements java.awt.event.KeyListener, java.beans.PropertyChangeListener)
        • javax.swing.JLabel (implements javax.accessibility.Accessible, javax.swing.SwingConstants)
          • javax.swing.tree.DefaultTreeCellRenderer (implements javax.swing.tree.TreeCellRenderer)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ModuleTreePanel.DraggableTreeCellRenderer
        • javax.swing.JLayeredPane (implements javax.accessibility.Accessible)
          • javax.swing.JDesktopPane (implements javax.accessibility.Accessible)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.LayoutPanel (implements javax.swing.event.InternalFrameListener)
        • javax.swing.JPanel (implements javax.accessibility.Accessible)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.GlobalPreferencePanel (implements java.awt.event.ActionListener)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.InformationListBox<T> (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.ListCellRenderer)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.AlgorithmInformationDialog.AuthorListBox
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.AlgorithmInformationDialog.CitationListBox
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.LayoutPreferencePanel (implements java.awt.event.ActionListener)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamInputView
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamBooleanInputView (implements javax.swing.event.ChangeListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamCollectionInputView (implements javax.swing.event.ChangeListener, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamViewObserver)
              • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamCollectionPaneInputView
              • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamCollectionWindowInputView
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamCollectionPipelineInputView (implements javax.swing.event.ChangeListener, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamViewObserver)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamColorInputView (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.event.ChangeListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamDoubleSliderInputView (implements javax.swing.event.ChangeListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamFileCollectionInputView (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.ListCellRenderer, javax.swing.event.ListSelectionListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamFileInputView (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.event.CaretListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamHiddenInputView
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamInformationInputView (implements java.awt.event.ActionListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamMatrixInputView (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.event.CaretListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamMipavDialogInputView (implements java.awt.event.ActionListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamMultiOptionInputView (implements javax.swing.ListCellRenderer, javax.swing.event.ListSelectionListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamNumberCollectionInputView (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.ListCellRenderer, javax.swing.event.ListSelectionListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamNumberSliderInputView (implements javax.swing.event.ChangeListener)
              • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamIntegerSliderInputView
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamNumberSpinnerInputView (implements javax.swing.event.ChangeListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamNumberTextInputView (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.event.CaretListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamOptionCollectionInputView (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamViewObserver)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamOptionInputView (implements java.awt.event.ActionListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamPointDoubleTextInputView (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.event.CaretListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamPointFloatTextInputView (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.event.CaretListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamPointSpinnerInputView (implements javax.swing.event.ChangeListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamTextInputView (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.event.CaretListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamURIInputView (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.event.CaretListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamVolumeCollectionInputView (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.ListCellRenderer, javax.swing.event.ListSelectionListener, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.Refreshable)
              • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamWeightedVolumesInputView (implements javax.swing.ListCellRenderer)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamVolumeInputView (implements java.awt.event.ActionListener, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.Refreshable)
              • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamDataLabelInputView (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamViewObserver)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamVolumeURICollectionInputView (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.ListCellRenderer, javax.swing.event.ListSelectionListener, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.Refreshable)
              • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamWeightedVolumesURIInputView (implements javax.swing.ListCellRenderer)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamVolumeURIInputView (implements java.awt.event.ActionListener, javax.swing.event.CaretListener, javax.swing.ListCellRenderer, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.Refreshable)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.PortListBox (implements javax.swing.event.ListSelectionListener, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamViewObserver)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.output.ParamOutputView
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.output.ParamCollectionOutputView
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.output.ParamFileCollectionOutputView
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.output.ParamNumberCollectionOutputView
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.output.ParamSurfaceOutputView (implements java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.MouseListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.output.ParamVolumeCollectionOutputView
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.output.ParamVolumeOutputView (implements java.awt.event.ActionListener)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.PortComboBox (implements java.awt.event.ActionListener)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessInfoPanel (implements javax.swing.event.ListSelectionListener, javax.swing.event.TreeSelectionListener)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessManagerTable (implements java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.MouseListener, javax.swing.event.TableModelListener)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessManagerTable.ClassRenderer (implements javax.swing.table.TableCellRenderer)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessManagerTable.StatusRenderer (implements javax.swing.table.TableCellRenderer)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessManagerTable.StringRenderer (implements javax.swing.table.TableCellRenderer)
        • javax.swing.JScrollPane (implements javax.accessibility.Accessible, javax.swing.ScrollPaneConstants)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ModuleTreePanel (implements java.awt.event.MouseListener, javax.swing.event.TreeSelectionListener)
        • javax.swing.JSpinner (implements javax.accessibility.Accessible)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeEdgeEditor.DefaultSpinner
        • javax.swing.JSplitPane (implements javax.accessibility.Accessible)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessDebugInfoFrame.FileText
        • javax.swing.JTabbedPane (implements javax.accessibility.Accessible, java.io.Serializable, javax.swing.SwingConstants)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ParameterPanel (implements javax.swing.event.ChangeListener, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeModule.PipeListener)
        • javax.swing.JTree (implements javax.accessibility.Accessible, javax.swing.Scrollable)
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.tree.DraggableJTree (implements java.awt.dnd.DragGestureListener, java.awt.dnd.DragSourceListener, java.awt.dnd.DropTargetListener, javax.swing.event.TreeSelectionListener)
      • java.awt.Window (implements javax.accessibility.Accessible)
        • java.awt.Dialog
          • javax.swing.JDialog (implements javax.accessibility.Accessible, javax.swing.RootPaneContainer, javax.swing.WindowConstants)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.AlgorithmInformationDialog (implements java.awt.event.ActionListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.AlgorithmInformationDialog.AuthorDialog (implements java.awt.event.ActionListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.AlgorithmInformationDialog.CitationDialog (implements java.awt.event.ActionListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeScheduler.CleanAllDialog (implements java.awt.event.ActionListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.PlugInSelector (implements java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.ComponentListener, java.awt.event.MouseListener, javax.swing.event.TreeSelectionListener)
        • java.awt.Frame (implements java.awt.MenuContainer)
          • javax.swing.JFrame (implements javax.accessibility.Accessible, javax.swing.RootPaneContainer, javax.swing.WindowConstants)
            • license.JISTLicenseAbout (implements java.awt.event.ActionListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.PipelineLayoutTool (implements java.awt.event.ActionListener, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.JistPreferences.PreferenceListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessDebugInfoFrame (implements java.awt.event.ActionListener)
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessManager (implements java.awt.event.ActionListener, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.JistPreferences.PreferenceListener, java.lang.Runnable, java.awt.event.WindowListener)
            • edu.jhu.cs.cisst.vent.VisualizationApplication (implements java.awt.event.ActionListener)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.ComputeTensorContrasts
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.simulation.ConfusionMatrix
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.ConnectivityMatrix
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ConnectorRenderer (implements javax.swing.event.ChangeListener, javax.swing.ListCellRenderer)
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.util.Contract
  • edu.jhu.cs.cisst.vent.converter.processing.ConvertEmbeddedSurfaceToPTriangleMesh (implements edu.jhu.cs.cisst.vent.converter.ConvertEmbeddedSurface<DestinationType>)
  • edu.jhu.cs.cisst.vent.converter.processing.ConvertImageDataToPImage (implements edu.jhu.cs.cisst.vent.converter.ConvertImageData<DestinationType>)
  • edu.jhu.cs.cisst.vent.converter.processing.CovertCurveCollectionToPCurveCollection (implements edu.jhu.cs.cisst.vent.converter.ConvertCurveCollection<DestinationType>)
  • edu.jhmi.rad.medic.utilities.CropParameters
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.CurvePath (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.Curve)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.EmbeddedCurvePath
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.smoother.DampedJacobi (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.smoother.Smoother)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.DataLabel (implements java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.util.DataOperations
  • DefaultCellViewFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeCellViewFactory
  • DefaultEdge
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeModuleEdge
  • DefaultGraphCell
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeModuleCell
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeAlgorithmFactory.AlgorithmCell
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeAlgorithmFactory.AlgorithmGroupCell
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeDestinationFactory.DestinationCell
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeSourceFactory.SourceCell
  • DefaultGraphCellEditor
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeEdgeEditor
  • DefaultGraphModel
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeGraphModel
  • org.xml.sax.helpers.DefaultHandler (implements org.xml.sax.ContentHandler, org.xml.sax.DTDHandler, org.xml.sax.EntityResolver, org.xml.sax.ErrorHandler)
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.vabra.VabraConfiguration
  • javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode (implements java.lang.Cloneable, javax.swing.tree.MutableTreeNode, java.io.Serializable)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.tree.DraggableNode (implements java.awt.datatransfer.Transferable)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeAlgorithmFactory.AlgorithmNode
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeAlgorithmFactory.AlgorithmGroupNode
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeDestinationFactory.DestinationNode
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeSourceFactory.SourceNode
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.tree.PackageNode (implements java.awt.datatransfer.Transferable)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.tree.ProcessNode
  • DefaultPort
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeModulePort
  • DefaultRouting
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.AvoidanceRouting
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.DefaultSolverResolutionLevels2D (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.SolverResolutionLevels)
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.DefaultSolverResolutionLevels3D (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.SolverResolutionLevels)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.DiffusionTensor
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.cli.discover
  • DiscoverMipavJISTPlugins
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.processcontrol.DispatchController
  • edu.jhu.ece.iacl.doc.DocMediaWikiWriter
  • edu.jhu.ece.iacl.doc.DocumentAllModules
  • edu.jhu.ece.iacl.doc.DocumentAllModules.CompareFactories (implements java.util.Comparator<T>)
  • edu.jhu.ece.iacl.doc.DocumentAllModules.ModuleDescription (implements java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhu.ece.iacl.doc.DocumentAllTests
  • edu.jhu.ece.iacl.doc.DocumentAllTests.Assertion (implements java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhu.ece.iacl.doc.DocumentAllTests.ModuleDescription (implements java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhu.ece.iacl.doc.DocumentAllTests.TestCase
  • edu.jhu.ece.iacl.doc.DocumentGenerator
    • edu.jhu.ece.iacl.doc.DocumentGeneratorHTML
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.DownhillSimplexND (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizerNDContinuous)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.DTEMRLTensor
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.DTIGradientTableCreator
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.DTISFiberWriter
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.fiber.DTIStudioHDR
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.DTIStudioReader
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.DTISVecReader
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.DtisVsIacl
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.DWICoReg
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.DxDataWriter
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.DxDataWriter
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.DXFiberData
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.DxFiberReaderWriter
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.DxReader
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.DxSurfaceReader
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.DxSurfaceWriter
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.DxWriter
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.EdgeIndexed (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.data.Indexable<E>)
  • EdgeRenderer
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeEdgeView.PipeEdgeRenderer
  • EdgeView
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeEdgeView
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.EmbeddedPointSet
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.EmbeddedPointSet.PointLocatorResult
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.EmbeddedSurface.Edge (implements java.lang.Comparable<T>)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.EmbeddedSurface.EdgeSplit
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.EmbeddedSurface.Face
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.EstimateTensorLikelihood
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.EstimateTensorLLMSE
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.ExecutionContext (implements java.lang.Comparable<T>, java.lang.Runnable)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.hardi.ExtractPARGradientTable
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.Face (implements java.lang.Comparable<T>)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.TriangleFace
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.FACT_INFACTcompare
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.FACTapi
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.FACTfiber
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.FACTparameters
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.fiber.Fiber
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FiberComparator
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.FiberConverter
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.FiberScaler
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FiberStatistics
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FiberTracker.FACTfiber
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FiberTransformation
  • edu.jhu.bme.smile.commons.math.FieldRegularize
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.FileConverter
  • javax.swing.filechooser.FileFilter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.FileExtensionFilter
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.FileReaderWriter<T>
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.ArrayDoubleListTxtReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.ArrayDoubleReaderWriter
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.ArrayDoubleDxReaderWriter
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.ArrayDoubleMtxReaderWriter
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.ArrayDoubleTxtReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.ArrayIntegerReaderWriter
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.ArrayIntegerDxReaderWriter
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.ArrayIntegerTxtReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.ArrayObjectTxtReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.CurveVtkReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.FiberCollectionReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.ImageDataReaderWriter (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.JistPreferences.PreferenceListener)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.JistLayoutReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.ModelImageReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.PointSetVtkReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.RibbonVtkReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.ScriptReader
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.StringReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.SurfaceReaderWriter
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.SurfaceBrainSuiteReaderWriter
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.SurfaceDxReaderWriter
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.SurfaceFreeSurferReaderWriter
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.SurfaceMipavReaderWriter
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.SurfaceVrmlReaderWriter
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.SurfaceVtkReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.VertexDoubleDxReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.VertexFloatDxReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.VOIReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.VolumeVtkReaderWriter
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.ZipFileReaderWriter
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.utility.FileUtil
  • FileVOI
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.MipavFileVOI
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.FloatInterp
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.FMGDefaultObserver (implements java.util.Observer)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.FreeSurferAsciiReader
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.FreeSurferAsciiWriter
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.FreeSurferReader
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.FreeSurferWriter
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.test.FunctionExponential (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizable1DContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.test.FunctionNegativeXSquared (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizable1DContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.test.FunctionNegativeXSquaredND (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizableNDContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.FunctionNumeric1DDifferentiation (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizable1DContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.FunctionNumericND1DDifferentiation (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizableNDContinuous)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.FunctionNumericNDDifferentiation (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizableNDContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.test.FunctionRosenbrock (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizableNDContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.test.FunctionXSquared (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizable1DContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.test.FunctionXSquaredND (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizableNDContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.test.FunctionXXplusSinXX (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizable1DContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.test.FunctionXXplusSinXXND (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizableNDContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.test.FunctionXXYYND (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizableNDContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.GaussianArrayKernel (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ConvolutionArrayKernel)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.GaussianVolumeKernel (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ConvolutionVolumeKernel)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.algorithms.graphics.GeomUtil
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.GoldenSectionSearch1D (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizer1DContinuous)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.GradientTable
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.GradTableCorrection
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.grid.Grid (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.grid.ConstGrid)
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.grid.BoundaryGrid (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.grid.ConstBoundaryGrid)
      • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.grid.FixedBoundaryGrid
      • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.grid.PeriodicBoundaryGrid
      • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.grid.RepeatBoundaryGrid
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.grid.NoBoundaryGrid (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.grid.ConstNoBoundaryGrid)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.GTCparams
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageData (implements java.lang.Cloneable, java.io.Serializable)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageDataByte
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageDataColor
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageDataDouble
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageDataFloat
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageDataInt
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageDataMipav
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageDataMipavPointer
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageDataMipavWrapper
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageDataNumber
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageDataUByte
  • edu.jhu.ece.iacl.structures.image.ImageDataMath
  • edu.jhmi.rad.medic.libraries.ImageFunctionsPublic
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageHeader (implements java.lang.Cloneable)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.utility.ImageUtil
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.interpolator.InterpolatorByStencil (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.interpolator.Interpolator)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.IntersectResult
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.util.IntRange1D
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.geometry.surface.IsoContourGenerator.Edge
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.geometry.surface.IsoContourGenerator.EdgeSplit
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.geometry.surface.IsoSurfaceGenerator.EdgeSplit
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.geometry.surface.IsoSurfaceGenerator.Triangle
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.volume.IsotropicResample
  • JDialogScriptableBase
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.dialogs.JDialogSaveAll
  • JDialogScriptableBase
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.ProcessingDialog (implements java.awt.event.ComponentListener, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamViewObserver)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.ProcessingGroupDialog
  • JGraph
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeJGraph (implements java.awt.dnd.DropTargetListener, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeModule.PipeListener)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.cli.JistCLI
  • jist.modules.JistDefaultBase (implements jist.modules.JistModulesLocation)
  • jist.modules.JistDefaultPlugins (implements jist.modules.JistModulesLocation)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parser.JistLayoutParser (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parser.ScriptParser)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.utility.JistLogger
  • edu.jhu.ece.iacl.plugins.JistPluginUtil
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.JistPreferences
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.test.JistTestHarness
  • edu.jhu.bme.smile.commons.math.KLDivergence
  • edu.jhu.bme.smile.commons.math.L1LSCompressedSensing
    • edu.jhu.bme.smile.commons.math.L1LSCompressedSensingNonNeg
    • edu.jhu.bme.smile.commons.math.L1LSCompressedSensingUnconstrained
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.LabelImage
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.ROI
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.LabelImageGroup
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.LabelSurface
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.LEFileReader
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.LEFileWriter
  • edu.jhu.bme.smile.commons.math.specialFunctions.Legendre
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.LevenbergMarquardt (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizerNDContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.LineSearchND (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizerNDContinuous)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.LineSearchNDDifferentiable (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizerNDContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.atlasing.LogOdds
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parser.LoniPipeParser (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parser.ScriptParser)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.MaskVolume18 (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.MaskVolume)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.MaskVolume26 (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.MaskVolume)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.MaskVolume6 (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.MaskVolume)
  • Jama.Matrix
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.matrix.Matrix2 (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.matrix.MatrixX)
  • Matrix
    • edu.jhu.bme.smile.commons.math.specialFunctions.ComplexMatrix
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.matrix.Matrix3 (implements java.lang.Cloneable, edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.matrix.MatrixX)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.math.MatrixMath
  • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.MedicAlgorithmSubsampleFibers.StaticCurve (implements java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhmi.rad.medic.utilities.MedicUtilPublic
  • edu.jhu.ece.iacl.plugins.dti.MetaImageData4D
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.MinToMax1D (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizable1DContinuous)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.MinToMax1DDifferentiable (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizable1DContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.MinToMaxND (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizableNDContinuous)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.MinToMaxNDDifferentiable (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizableNDContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.MipavController
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parser.MipavScriptParser (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parser.ScriptParser)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.MipavSurfaceReader
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.MipavSurfaceXMLReader
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.MipavSurfaceXMLWriter
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.test.MipavTestHarness
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.tensor.MLTensor
  • ModelTriangleMesh
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.EmbeddedSurface (implements java.lang.Cloneable, java.lang.Comparable<T>)
  • java.awt.event.MouseAdapter (implements java.awt.event.MouseListener, java.awt.event.MouseMotionListener, java.awt.event.MouseWheelListener)
    • javax.swing.event.MouseInputAdapter (implements javax.swing.event.MouseInputListener)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.JGraphFoldingManager
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.spectro.MSWASSR
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.spectro.MSWASSR.Symscore (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizable1DContinuous)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.NewtonMethod1D (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizer1DContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.NormalGenerator
  • java.lang.Number (implements java.io.Serializable)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.Voxel (implements java.lang.Cloneable, java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.VoxelBoolean
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.VoxelColor
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.VoxelDouble
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.VoxelFloat
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.VoxelIndexed<V> (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.data.Indexable<E>)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.VoxelInt
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.VoxelMipav (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.data.Indexable<E>)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.VoxelShort
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.VoxelUByte
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.VoxelVector
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.vabra.NumericalMethod
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.vabra.NumericalRecipes
  • edu.jhmi.rad.medic.utilities.NumericsPublic
  • java.util.Observable
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.FMG
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.tensor.OptimizeTensor
  • PApplet
    • edu.jhu.cs.cisst.vent.VisualizationProcessing (implements edu.jhu.cs.cisst.vent.Visualization)
      • edu.jhu.cs.cisst.vent.VisualizationProcessing2D
        • edu.jhu.cs.cisst.vent.widgets.VisualizationImage (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.Refreshable)
          • edu.jhu.cs.cisst.vent.widgets.VisualizationActiveContour2D
      • edu.jhu.cs.cisst.vent.VisualizationProcessing3D
        • edu.jhu.cs.cisst.vent.widgets.VisualizationTriangleMesh (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.Refreshable)
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.parallel.Parallelizer (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.parallel.Parallelizable)
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.CalcResidualParallelizer
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.smoother.DampedJacobiSmoothParallelizer
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.restrictor.RestrictByStencilParallelizer
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.solver.SolveThroughSmootherParallelizer
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamBooleanFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamCollectionFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamColorFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamDoubleFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamFileCollectionFactory
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamSurfaceCollectionFactory
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamVolumeCollectionFactory
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamWeightedVolumeCollectionFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamFileFactory
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamObjectFactory
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamSurfaceFactory
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamVolumeFactory
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamDataLabelFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamFloatFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamHiddenFactory
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamHeaderFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamInformationFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamIntegerFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamLongFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamMatrixFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamMipavDialogFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamMultiOptionFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamNumberCollectionFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamOptionFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamPerformanceFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamPointDoubleFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamPointFloatFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamPointIntegerFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.factory.ParamStringFactory
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamVolumeInputView.VolumeListBoxItem (implements java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamVolumeURIInputView.VolumeListBoxItem (implements java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.ParV3Info
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.ParV4Info
  • edu.jhu.cs.cisst.vent.structures.processing.PCurveCollection
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.PerformanceLevel
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PerformanceSummary (implements java.lang.Cloneable)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PerformanceSummary.TimeAndMemoryStamp (implements java.lang.Cloneable)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeConnector
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeEdgeRealEditor.EditorDelegate (implements javax.swing.event.ChangeListener, java.io.Serializable)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeLayout
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeLayout.RunParameters
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeLayoutRunner
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeLibrary
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeLibrary.CompareFactories (implements java.util.Comparator<T>)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeLibrary.CompareFiles (implements java.util.Comparator<T>)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeModule (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamViewObserver, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipePort.PortListener)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeAlgorithm (implements java.lang.Cloneable)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeAlgorithmGroup
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeDestination
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeExternalDestination
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeDoubleCollectionExternalDestination
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeDoubleExternalDestination
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeFileCollectionExternalDestination
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeFileExternalDestination
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeIntegerCollectionExternalDestination
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeIntegerExternalDestination
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeSurfaceCollectionExternalDestination
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeSurfaceExternalDestination
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeVolumeCollectionExternalDestination
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeVolumeExternalDestination
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeParamCopyDestination
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeParamSummaryDestination
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.dest.PipeAssertionTestDestination
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeLogic
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeSource
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeDoubleSweepSource
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeExternalSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeDoubleCollectionExternalSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeDoubleExternalSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeFileCollectionExternalSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeFileExternalSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeIntegerCollectionExternalSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeIntegerExternalSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeSelectionExternalSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeSurfaceCollectionExternalSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeSurfaceExternalSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeVolumeCollectionExternalSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeVolumeExternalSource
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeFileCollectionSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeSurfaceCollectionSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeVolumeCollectionSource
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeFileDirectorySource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeSurfaceDirectorySurface
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeVolumeDirectorySource
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeIntegerSweepSource
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeListCollectionSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeDoubleCollectionListSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeIntegerCollectionListSource
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeListSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeDoubleListSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeFileCollectionListSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeFileListSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeIntegerListSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipePointListSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeSelectionListSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeStringListSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeSurfaceCollectionListSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeSurfaceListSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeVolumeCollectionListSource
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeVolumeListSource
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipePointDoubleSweepSource
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeSelectionSource
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeToggleSource
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.src.PipeVolumeDirectoryCollectionSource
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeModuleFactory (implements java.io.Serializable)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeAlgorithmFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeDestinationFactory
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeSourceFactory
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipePort<T>
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamModel<T> (implements java.lang.Cloneable, java.lang.Comparable<T>)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamBoolean
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamCollection (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.JISTInternalParam, edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ObjectCollection<T>)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamColor
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamFile
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamExecutable
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamObject<T>
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamSurface
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamVolume
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamDataLabel
            • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamWeightedVolume<T>
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamSurfaceLocation
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamFileCollection (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ObjectCollection<T>)
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamSurfaceLocationCollection
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamSurfaceCollection
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamVolumeCollection
          • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamWeightedVolumeCollection<T>
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamHidden<T>
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamArgsOrder (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.JISTInternalParam)
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamHeader (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.JISTInternalParam)
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamSwitch (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.JISTInternalParam)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamInformation (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.JISTInternalParam)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamMatrix
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamMipavDialog (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.JISTInternalParam)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamMultiOption
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamNumber
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamDouble
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamFloat
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamInteger
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamLong
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamNumberCollection (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ObjectCollection<T>)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamOption
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamPerformance
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamPointDouble (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamPoint)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamPointFloat (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamPoint)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamPointInteger (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamPoint)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamString
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeChildPort
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeParentPort
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeRunner
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeScheduler (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.ExecutionContext.ContextListener, java.lang.Runnable)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.resources.PlaceHolder
  • PlugInJISTLayoutTool
  • PlugInJISTProcessManager
  • Point2i
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.segmentation.gac.GridPoint2D (implements java.lang.Comparable<T>)
  • Point3f
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.PT
      • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.cPT (implements java.awt.event.ActionListener)
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.fiber.XYZ
  • Point3f
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.Point3
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.Vertex (implements java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.math.Point3fMath
  • Point3i
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.GridPt (implements java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.Polygon
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.Polyhedron
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.PolySpline (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.Curve)
  • PortRenderer
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipePortView.ActivityRenderer
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PortChildView.ActivityRenderer
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PortInputView.ActivityRenderer
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PortOutputView.ActivityRenderer
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PortParentView.ActivityRenderer
  • PortView
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipePortView
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PortChildView
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PortInputView
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PortOutputView
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PortParentView
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.processcontrol.ProcessControllerDRMAA (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.processcontrol.ProcessController)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.processcontrol.ProcessControllerNative (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.processcontrol.ProcessController)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.ProcessingApplication
    • PlugInJISTPlugInSelector
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.StaplePlugin
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessManagerTable.MemoryStampWrapper (implements java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessManagerTable.ProgressRenderer (implements javax.swing.table.TableCellRenderer)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessManagerTable.TimeStampWrapper (implements java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.ProjectNDto1DOptimizable (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizable1DContinuous)
    • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.ProjectNDto1DOptimizableDifferentiable (implements edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizable1DContinuousDifferentiable)
  • edu.jhu.cs.cisst.vent.structures.processing.PTriangleMesh
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.hardi.QBall
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.RawReader
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.RawWriter
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.smoother.RedBlackGaussSeidel (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.smoother.Smoother)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.ReferencedPapers
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.Refresher (implements java.lang.Runnable)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.registration.RegistrationUtilities
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.registration.RegistrationUtilities.IndexedFloat (implements java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.registration.RegistrationUtilities.InterpolationType
  • edu.jhu.cs.cisst.vent.renderer.processing.RendererProcessing (implements edu.jhu.cs.cisst.vent.VisualizationParameters)
    • edu.jhu.cs.cisst.vent.renderer.processing.RendererProcessing2D
      • edu.jhu.cs.cisst.vent.renderer.processing.ImageRenderer
      • edu.jhu.cs.cisst.vent.renderer.processing.VectorField2DRenderer
      • edu.jhu.cs.cisst.vent.renderer.processing.VolumeSliceRenderer
        • edu.jhu.cs.cisst.vent.renderer.processing.VolumeIsoContourRenderer
    • edu.jhu.cs.cisst.vent.renderer.processing.RendererProcessing3D
      • edu.jhu.cs.cisst.vent.renderer.processing.SurfaceRenderer
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.restrictor.RestrictorByStencil (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.restrictor.Restrictor)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.data.ReverseComparator<T> (implements java.util.Comparator<T>)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.RGB
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.RGB
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.ROIReader
  • edu.jhu.bme.smile.commons.math.RotationMatrix
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.cli.run
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.RunFACT
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.cli.runLayout
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.RunSTAPLE
  • ScriptRunner
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.MipavScriptRunner
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.Segment
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.Edge (implements java.lang.Comparable<T>)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.math.specialFunctions.SFunc
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.solver.SolverThroughSmoother (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.solver.Solver)
  • edu.jhu.bme.smile.commons.math.specialFunctions.SphericalHarmonics
  • edu.jhu.bme.smile.commons.math.Spline
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.STAPLEgeneralSingle
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.StapleReader
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.staple.StapleTester
  • StartJIST
  • StartJISTLayoutTool
  • StartJISTPlugInSelector
  • StartJISTProcessManager
  • edu.jhu.bme.smile.commons.math.StatisticsDouble
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.StencilImpl (implements edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.Stencil)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.StringArrayToStringXML
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.StringArrayXMLReaderWriter
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.Surface
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.TriangleSurface
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.simulation.SurfaceRater
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.hardi.SurfaceTools
  • javax.swing.SwingWorker<T,V> (implements java.util.concurrent.RunnableFuture<V>)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeLibrary.InitializeTask
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ModuleTreePanel.InitializeWorker
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.PlugInSelector.InitializeWorker
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeLibrary.RebuildTask
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ModuleTreePanel.RebuildWorker
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.PlugInSelector.RebuildWorker
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.PipelineLayoutTool.InitializeLayout
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeScheduler.CleanAllDialog.DeleteDirectoriesWorker
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeScheduler.DestinationProcessor
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessDebugInfoFrame.FileReaderWorker
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.gui.ProcessManager.LoadLayout
    • edu.jhu.cs.cisst.vent.renderer.processing.VolumeIsoContourRenderer.IsoContourWorker
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.tensor.Tensor2 (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.tensor.TensorX<E>)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.tensor.Tensor3 (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.tensor.TensorX<E>)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.test
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.test.Test1DOptimizations
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.test.TestDerivativeFunction
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.TestDXWriting
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.testFACT
  • edu.jhu.cs.cisst.test.TestGeodesicActiveContour2D
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.test.TestNDOptimizations
  • edu.jhu.bme.smile.commons.textfiles.TextFileReader
  • java.lang.Thread (implements java.lang.Runnable)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.ExecutionContext.ProcessStatusParser
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.FMGThread
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.parallel.ParallelRunner
  • java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
    • java.lang.Exception
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.AlgorithmRuntimeException
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.DegenerateIntersectionException
      • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.FMGAlreadyExecutingException
      • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.FMGNotExecutingException
      • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.InvalidParameterException
      • java.lang.RuntimeException
        • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.util.AssertionFailedException
        • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.InvalidParameterValueException
        • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.util.PostconditionNotMetException
        • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.util.PreconditionNotMetException
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.Tract
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.volume.TransformVolume
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.Triangle
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.TriangleSigned
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.triangulate
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.USbyte
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.USbyte
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.FACT.VEC
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.vector.Vector2 (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.vector.VectorX)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.vector.Vector3 (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.vector.VectorX)
  • Vector3f
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.Vector3
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.vector.Vector4 (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.vector.VectorX)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.matrix.VectorMatrixX (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.matrix.MatrixX)
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.vector.VectorN (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.vector.VectorX)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.vabra.VectorVolumeVabra (implements java.lang.Cloneable)
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.VersionUtil
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.VertexIndexed (implements edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.data.Indexable<E>)
  • VertexRenderer
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeAlgorithmGroupView.ActivityRenderer
  • VertexRenderer
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeAlgorithmView.ActivityRenderer
  • VertexRenderer
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeDestinationView.ActivityRenderer
  • VertexRenderer
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeSourceView.ActivityRenderer
  • VertexView
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeAlgorithmGroupView
  • VertexView
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeAlgorithmView
  • VertexView
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeDestinationView
  • VertexView
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.PipeSourceView
  • ViewUserInterface
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.MipavViewUserInterface
  • VOI
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.MipavVOI
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.manual_label.simulation.VolumeRater
  • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.dti.tractography.WildBootFiberTracker.WildBootFACTfiber
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.io.XMLErrorHandler (implements org.xml.sax.ErrorHandler)

Interface Hierarchy

• java.lang.Cloneable
  • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.grid.ConstGrid
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.grid.ConstBoundaryGrid
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.grid.ConstNoBoundaryGrid
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.matrix.MatrixX
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.vector.VectorX
• java.lang.Comparable<T>
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.data.Indexable<E>
• edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.CompatibilityChecker
• edu.jhu.cs.cisst.vent.converter.Converter<SourceType,DestinationType>
  • edu.jhu.cs.cisst.vent.converter.ConvertCurveCollection<DestinationType>
  • edu.jhu.cs.cisst.vent.converter.ConvertEmbeddedSurface<DestinationType>
  • edu.jhu.cs.cisst.vent.converter.ConvertImageData<DestinationType>
• edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ConvolutionArrayKernel
• edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ConvolutionVolumeKernel
• edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.Curve
• edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.ExecutionContext.ContextListener
• edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.interpolator.Interpolator
• edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parser.JISTDynamicPluginLookup
• edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.JISTInternalParam
• jist.modules.JistModulesLocation
• edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.JistPreferences.PreferenceListener
• edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.MaskVolume
• edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ObjectCollection<T>
• edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizable1DContinuous
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizable1DContinuousDifferentiable
• edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizableNDContinuous
  • edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizableNDContinuousDifferentiable
• edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizer1DContinuous
• edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.Optimizer1DContinuousDifferentiable
• edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizerNDContinuous
• edu.jhu.bme.smile.commons.optimize.OptimizerNDContinuousDifferentiable
• edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.parallel.Parallelizable
• edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamPoint
• edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.ParamViewObserver
  • edu.jhu.cs.cisst.vent.Visualization
  • edu.jhu.cs.cisst.vent.VisualizationParameters
    • edu.jhu.cs.cisst.vent.Visualization
• edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.pde.PDE
• edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipePort.PortListener
  • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipeModule.PipeListener
• edu.jhu.cs.cisst.test.data.PlaceHolder
• edu.jhu.cs.cisst.vent.resources.PlaceHolder
• edu.jhu.ece.iacl.jist.processcontrol.ProcessController
• edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.view.input.Refreshable
• edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.restrictor.Restrictor
• edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parser.ScriptParser
• edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.smoother.Smoother
• edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.solver.Solver
• edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.SolverResolutionLevels
• edu.jhu.cs.cisst.algorithms.optimize.fmg.Stencil
• edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.tensor.TensorX<E>

Enum Hierarchy

• java.lang.Object
  • java.lang.Enum<E> (implements java.lang.Comparable<T>, java.io.Serializable)
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.DevelopmentStatus
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.ExecutionContext.Status
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.ExecutionContext.Update
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.JistPreferences.NamingConvention
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.PipePort.type
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.graph.AvoidanceRouting.Dir
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.parameter.ParamFile.DialogType
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.pipeline.tree.ProcessNode.Hierarchy
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.processcontrol.ProcessControlAction
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.processcontrol.ProcessStatus
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.EmbeddedSurface.Direction
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.geom.GridPt.Connectivity
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageHeader.MeasurementUnit
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageHeader.ImageModality
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageHeader.AxisOrientation
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageHeader.ImageOrientation
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageHeader.Compression
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.ImageHeader.Endianess
    • edu.jhu.ece.iacl.jist.structures.image.VoxelType
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.geometry.surface.IsoContourGenerator.Winding
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.geometry.surface.IsoSurfaceGenerator.Method
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.geometry.surface.IsoSurfaceGenerator.Winding
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.segmentation.gac.GradientVectorFlow2D.Method
    • edu.jhu.cs.cisst.algorithms.segmentation.gac.VectorFieldDiffusion2D.Dimension
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.hardi.BASIS_TYPE
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.volume.IsotropicResample.InterpolationMethod
    • edu.jhu.ece.iacl.algorithms.volume.TransformVolume.Interpolation
    • edu.jhu.ece.iacl.doc.DocumentAllTests.TestCase.Status